Родился 16 ноября 1957 года в селе Большие Ключи Зеленодольского района Татарской АССР.
Трудовую деятельность начал в 1976 году фрезеровщиком на Казанском моторостроительном заводе. В 1977 году окончил Казанский авиационный техникум и поступил на физический факультет Казанского государственного университета, где в 1982 году получил специальность «Радиофизика и электроника». В 1982-85 годах работал инженером-настройщиком на предприятии «Эра». Затем, в 1985-90 годах был старшим инженером, начальником бюро, заместителем главного механика и председателем профкома Зеленодольского машиностроительного завода. В эти годы, обучаясь без отрыва от работы, окончил Банковскую школу. В 1990-94 годах Сергей Когогин возглавлял Зеленодольский машиностроительный завод, а в 1994-99 годах – администрацию Зеленодольского района. Затем был назначен заместителем премьер-министра – министром экономики и промышленности РТ.
С июня 1999 года по настоящее время Сергей Когогин – член Совета директоров ПАО «КАМАЗ», с 26 апреля 2002 года – генеральный директор ПAO «КАМАЗ». Под его руководством компания совершила уникальный рывок и заняла достойное место среди крупнейших производителей грузовой техники не только на территории СНГ, но и в мире. На пути создания нового облика «КАМАЗа» как современного, ориентированного на клиента предприятия Сергею Анатольевичу пригодился его обширный опыт работы на промышленных предприятиях и в органах власти. Генеральный директор не только осуществляет макроэкономическое руководство, но и лично контролирует производственный процесс, новые конструкторские разработки, заключает выгодные контракты, решает законотворческие проблемы, защищая интересы всех российских автопроизводителей. Под его руководством решена проблема реструктуризации долгов ПАО «КАМАЗ», по его инициативе постоянно обновляется модельный ряд автомобилей КАМАЗ, и осваиваются новые современные конкурентоспособные модели.
При Сергее Когогине ПАО «КАМАЗ», сохраняя лучшие корпоративные традиции, стало компанией, вносящей реальный вклад в развитие культурных и духовных ценностей. Примером этого является материальная поддержка строительства храма Христа Спасителя в Москве, мечети Кул-Шариф в Казанском Кремле. Являясь градообразующим предприятием, ПАО «КАМАЗ», под руководством генерального директора Сергея Когогина вносит весомый вклад в развитие социальной сферы Набережных Челнов, оказывая всестороннюю поддержку многочисленным творческим коллективам и организациям культуры города. Это камерный оркестр «Провинция», картинная галерея.
Сергей Когогин ведёт большую государственную и общественную деятельность. В 2004-2009 годах он был депутатом Госсовета РТ. С января 2006 года по настоящее время возглавляет некоммерческое партнёрство «Объединение автопроизводителей России» (ОАР) в качестве председателя его совета.
Сергей Когогин имеет учёную степень кандидата экономических наук.
