Родился 8 апреля 1950 года в посёлке Красная Яруга Курской области (с 1954 года — Белгородской).
Окончил Старооскольский геологоразведочный техникум, прошёл службу в рядах Советской Армии. В 1976 году окончил Московскую сельскохозяйственную академию имени К.А. Тимирязева, получил квалификацию учёного агронома.
Трудовую деятельность начал на родине главным агрономом ракитянского колхоза, а затем директором совхоза. Занимал должность заместителя начальника главного управления растениеводства Министерства сельского хозяйства и продовольствия РФ, работал в структурах АПК России.
В октябре 1993 года был назначен, а в декабре 1995 года и в мае 1999 года избран главой администрации Белгородской области. С 1996 года по 2001 год являлся членом Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации. Занимал должность председателя Комитета Совета Федерации по аграрной политике.
В мае 2003 года был избран губернатором Белгородской области. 16 июня 2007 года по предложению Президента России В.В. Путина Белгородская областная Дума наделила Е.С. Савченко полномочиями губернатора Белгородской области. 14 октября 2012 года избран губернатором Белгородской области.
Доктор экономических наук, профессор, член-корреспондент Российской академии сельскохозяйственных наук.
Награды: орден «Знак Почёта», орден Почёта, ордена «За заслуги перед Отечеством» IV, III и II степеней, орден Украины «За заслуги» III степени, медаль К.Д. Ушинского, медаль «За укрепление боевого содружества», медаль «За вклад в развитие агропромышленного комплекса России», медаль «За содействие в обеспечении специальных программ», знак «Почётный работник жилищно-коммунального хозяйства России», Почётная грамота Президента Российской Федерации, Почётная грамота Совета Федерации, награды Русской Православной церкви и др.
22 сентября 2020 года Президент Российской Федерации Владимир Путин досрочно прекратил полномочия губернатора Белгородской области Евгения Савченко.
