С 2004 по 2009 гг. Прокофьева Дарья Симоновна обучалась в Башкирском государственном педагогическом университете им. М. Акмуллы. Во время учебы Прокофьевой Д.С. было проведено исследование распределения мутаций 5382insC, Cys61Gly, 4153delA и 6174delТ в высокопенетрантных генах BRCA1 и BRCA2 среди больных раком молочной железы из Республики Башкортостан и на основании этого исследования подготовлена дипломная работа на тему «Анализ мутаций в генах BRCA1 и BRCA2, ассоциированных с раком молочной железы, в Республике Башкортостан». Защита дипломного проекта выполнена на отлично.
С 2009 по 2012 гг. обучалась в аспирантуре лаборатории молекулярной генетики человека Института биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН, где продолжила исследования генетических факторов предрасположенности к раку молочной железы и раку яичников. Прокофьева Д.С. входила в состав научной группы, которую возглавляла известный ученый Хуснутдинова Е.К., доктор биологических наук, профессор, заведующая отделом геномики Института биохимии и генетики. Во время учебы в аспирантуре Дарья Симоновна принимала участие в проекте, поддержанном Российским гуманитарным фондом (РФГ) № 08-06-00033а (2010) и на различных всероссийских и международных конференциях. Начиная с 2010 года проходила ежегодные стажировки в Отделении акушерства и гинекологии Высшей Медицинской школы Ганновера, Германия, с научным коллективом которого продолжается плодотворное сотрудничество по настоящее время. В 2013 году успешно защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности 03.02.07. Генетика. Тема диссертационного исследования «Изучение генетических факторов развития рака яичников у женщин из Республики Башкортостан».
За время научно-исследовательской деятельности Прокофьевой Д.С. проделан значительный объем экспериментальной работы в области изучения генетической предрасположенности к раку молочной железы и раку яичников у женщин из Республики Башкортостан. Исследования под руководством Дарьи Симоновны были поддержаны несколькими научными фондами: Российским фондом фундаментальных исследований (Мол_а_2014_14-04-31169) и программой «УМНИК» 2014-2015 гг. В настоящее время научной группой, возглавляемой Прокофьевой Д.С., ведутся работы в области онкогенетики при поддержке РФФИ (18-29-09129мк 2018-2022).
В 2021 году Дарья Симоновна стала победителем гранта на создание новой молодежной лаборатории популяционной и медицинской генетики на базе ФГБОУ ВО «Башкирский государственный университет», который является участником Евразийского научно-образовательного центра мирового уровня Республики Башкортостан. Целью научных исследований коллектива лаборатории во главе с Прокофьевой Д.С. стало изучение генетической структуры и филогенетических взаимоотношений популяций Северной Евразии и выявление особенностей эпидемиологии и патогенеза ряда онкологических заболеваний в этих популяциях, в том числе поиск новых молекулярно-генетических маркеров рака яичников и рака желудка, которые могут быть использованы для ранней диагностики и корректировки терапии в рамках концепции персонализированной медицины.
По результатам научно-исследовательской деятельности опубликованы 53 научных труда, из которых 11 статей в изданиях Web of Science и Scopus (9 в журналах, входящих в квартиль Q1, 1 — Q2 и 1 — Q4). Индекс Хирша — 11 (Scopus). Прокофьева Д.С. является стипендиатом стипендии Президента Российской Федерации (2014 г.), лауреатом Государственной республиканской молодежной премии в области науки и техники (2016 г.), а также победителем конкурса на лучшую научную работу молодых ученых вузов и научных учреждений Республики Башкортостан в номинации «Биологические науки. Генетика и биотехнологии» (2016 г.).
