Евгений Михайлов родился в 1973 году в г. Даугавпилс Латвийской ССР, окончил Государственную академию нефти и газа им. И.М. Губкина в г. Москве. С 1990 по 2003 год работал на руководящих должностях на предприятиях государственного и негосударственного сектора экономики.
В 2003 году был назначен заместителем руководителя департамента реструктуризации естественных монополий, затем – заместителем директора департамента госрегулирования тарифов и инфраструктурных реформ Минэкономразвития РФ.
С 2007 года – начальник департамента по маркетингу грузовых перевозок и тарифной политике РЖД. С 2010 года – исполнительный директор по работе с клиентами УК «ЖелДорЭкспедиция».
С сентября 2011 года – советник заместителя мэра Москвы по вопросам экономической политики. С февраля 2012 года – первый заместитель руководителя департамента транспорта и развития дорожно-транспортной инфраструктуры Москвы. В 2013–2017 годах – генеральный директор ГУП «Мосгортранс».
С 2017 года по настоящее время – председатель совета директоров Группы ЭкоЛайн.
