Исак Фрумин является научным руководителем Института образования НИУ «Высшая школа экономики». В сферу его ответственности также входит консультирование Университета по вопросам стратегического планирования и международного сотрудничества.
С 1999 по 2011 г. профессор Фрумин руководил образовательной программой Всемирного банка в России. В рамках работы во Всемирном банке Исак Фрумин также осуществлял проекты в Афганистане, Индии, Казахстане, Киргизии, Непале и Туркменистане.
В 2011 году занял пост сопредседателя образовательной части экспертной группы «Стратегия 2020».
В 2012—2016 гг. занимал пост советника Министра образования и науки Российской Федерации, а также входил в состав российской делегации Комитета по образовательной политике ОЭСР. Исак Фрумин является автором более 250 публикаций, в том числе статей и книг как на русском, так и на английском языках. В сферу научных интересов Исака Фрумина входит развитие систем высшего образования, управление в сфере образования, прогноз развития образования.
