Родилась 21 декабря 1969 г. в городе Казани.
В 1997 г. окончила Московский государственный университет коммерции.
В 1991–1995 гг. работала экономистом, бухгалтером, главным бухгалтером производственных подразделений АО «КамАЗ».
В 1995–2001 гг. занимала должности заместителя главного бухгалтера, начальника службы, главного бухгалтера Производственного эксплуатационного жилищного управления города Набережные Челны.
В 2001–2011 гг. — начальник управления Министерства строительства, архитектуры и жилищно-коммунального хозяйства Республики Татарстан, затем заместитель директора Центра экономических и социальных исследований при кабинете министров Республики.
В марте 2011 г. назначена заместителем директора Департамента бюджетной политики и методологии Министерства финансов Российской Федерации.
С 2011 г. директор Департамента информационных ресурсов Министерства финансов Российской Федерации, затем возглавила Департамент информационных технологий в сфере управления государственными и муниципальными финансами и информационного обеспечения бюджетного процесса Министерства финансов Российской Федерации.
13 марта 2020 г. назначена Председателем Федерального фонда обязательного медицинского страхования распоряжением Правительства Российской Федерации от 13 марта 2020 г. № 600-р.
Е.Е. Чернякова имеет классный чин — действительный государственный советник Российской Федерации 3 класса.
Награждена медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени. Имеет благодарности Президента Российской Федерации и Министра финансов Российской Федерации. Также награждена почетной грамотой Президента Российской Федерации, грамотой Генерального прокурора Российской Федерации, медалью «За содействие ФНС России» Федеральной налоговой службы.
Имеет ряд наград федеральных органов власти и органов власти субъектов Российской Федерации.
Заслуженный экономист Республики Татарстан.
