Евгений Кузнецов работает в РВК с 2009 года. Был директором департамента развития и коммуникаций, впоследствии — директором департамента стратегических коммуникаций, членом правления РВК. В 2014 году был назначен заместителем генерального директора — директором проектного офиса. В декабре 2015 года занял пост заместителя гендиректора — программного директора. С июля по декабрь 2016 года — временный генеральный директор РВК.
С 2014 по конец 2015 года в рамках РВК руководил работами в рамках Национальной Технологической Инициативы (НТИ), функции проектного офиса которой исполняет РВК. Является Предеседателем Совета Фонда поддержки проектов НТИ. В 2015 и 2016 годах был руководителем авторской группы по разработке Национального Доклада по инновациям, разрабатываемым по заказу Правительства Российской Федерации.
С 2006 по 2009 год руководил Фондом содействия развития науки, образования и медицины, созданным совместно с Симоном Гдальевичем Кордонским, разрабатывал ряд государственных программ и инициатив в области развития науки, высоких технологий и медицины. Ранее работал в агентстве Edelman, а также Центре Стратегических разработок Северо-Запад.
Входит в Экспертный Совет Правительства Российской Федерации и Президиум Совета по внешней и оборонной политике (СВОП). Является экспертом в области технологической политики, взаимодействия инноваций и социального развития, развития государственного и корпоративного управления инновациями.
