В 1977 году окончил Московское высшее техническое училище им.Н.Э. Баумана по специальности «Двигатели летательных аппаратов», после чего вернулся в Уфу, где в разные годы трудился в Уфимском моторостроительном производственном объединении, Уфимском авиационном институте. С 1986 по 19990 гг. — заведующий лабораторией по наземному использованию авиадвигателей, затем — заведующий научно-производственным отделом Восточного филиала Всесоюзного НИИ по строительству магистральных трубопроводов (г. Уфа). В 1990 г. был избран депутатом Верховного Совета Башкирской АССР, где являлся председателем Комиссии Верховного Совета по экологии и рациональному использованию природных ресурсов. С 1993 по 1994 гг. работал директором Института прикладной экологии и природопользования Республики Башкортостан. В 1994-1996 гг. возглавлял Министерство охраны окружающей среды, природопользования, предупреждения и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций Республики Башкортостан. С 1996 по 1999 гг — Министр по чрезвычайным ситуациям и экологической безопасности Республики Башкортостан, член Совета Безопасности Республики Башкортостан. В 1999 г. возглавил Департамент предупреждений и ликвидации чрезвычайных ситуаций Министерства по чрезвычайным ситуациям Российской Федерации. С 2000 по 2003 гг. — главный федеральный инспектор по Республике Башкортостан аппарата полномочного представителя Президента Российской Федерации в Приволжском федеральном округе, затем исполняющий обязанности заместителя полномочного представителя Президента Российской Федерации в Приволжском федеральном округе. В 2003-2004 гг. — руководитель межрегиональной инспекции по крупнейшим налогоплательщикам, начальник Управления крупнейших налогоплательщиков Министерства Российской Федерации по налогам и сборам. С 2004 по 2009 гг. — руководитель Федерального агентства водных ресурсов. С 2009 года работал заместителем Председателя Правления ОАО «РусГидро». С 19 июля 2010 г. — Президент Республики Башкортостан. 14 сентября 2014 года по итогам досрочных выборов Президента Республики Башкортостан Рустэм Хамитов набрал 81,71 процента голосов избирателей и был переизбран на второй срок. С 1 января 2015 года — Глава Республики Башкортостан.
