Глобальный рынок услуг секвенирования (определения последовательности нуклеотидов, из которых складывается геном) ДНК человека и анализа полученной информации растет на 15-18% в год. Его размер к 2030 году, по различным оценкам, составит от 30 до 80 млрд долл.
Стоимость полной расшифровки ДНК человека, по мнению аналитиков SkyQuest, к началу следующего десятилетия опустится ниже 100 долл. США, что позволит широко использовать эту процедуру для выявления потенциальных заболеваний у новорожденных и определять предрасположенность к раку и другим болезням. С начала века темпы удешевления секвенирования и ускорения работы оборудования выше, чем рост производительности и темпы падения цен в секторе вычислительной техники, и обгоняют закон Мура.
На рынке оборудования представлены три поколения техники. Первое основано на методе, который в 1977 году предложил Фредерик Сэнгер. Главным ограничением способа является то, что с его помощью дорого и сложно восстанавливать последовательности нуклеотидов или «букв» генетического кода длиннее 1000 пар оснований. С помощью этого метода в 2004 году
был впервые и с хорошим качеством секвенирован геном человека, но бюджет проекта расшифровки ДНК человека из 6 c лишним миллиардов пар нуклеотидов, то есть «букв» генетического кода, составил около 3 млрд долл. На практике секвенаторы первого поколения используются для определения мутаций в каких-то определенных, заранее установленных местах генома, выявления относительно коротких геномов вирусов, и для судебно-медицинских экспертиз.
Второе поколение (next generation sequencing, NGS) приборов для секвенирования опирается на фиксирование изменений, которые происходят, когда достраивается цепь ДНК. Секвенаторы второго поколения позволяют прочитывать до 300 пар оснований и работать с большим количеством образов за один раз, что снижает себестоимость исследований. Резкое падение стоимости генетического анализа во второй половине нулевых и начале десятых годов 21 века обусловлено распространением этой технологии.
Третье поколение секвенаторов опирается на изменение силы электрического тока при прохождении ДНК-цепочки через нанопоры. Такой подход позволяет уменьшить габариты прибора до считанных сантиметров и проводить анализ образцов в полевых условиях или на выезде, что дополнительно снижает трудоемкость и себестоимость процедуры.
На рынке присутствуют отечественные секвенаторы серии «Нанофор», которые производит консорциум «Российские генетические технологии». В него входят Институт аналитического машиностроения РАН, который разрабатывает новые приборы, завод ФГУП ЭЗАН в Черноголовке, на котором идет серийное производство, и научно-производственная компания «СИНТОЛ», которая отвечает за реагенты, маркетинг и продажи, пусконаладку оборудования и обучение пользователей.
По словам научного директора «СИНТОЛ» Якова Алексеева, в приборе «Нанофор 05» используется более 70% отечественных комплектующих. В оставшиеся 30% входят микропроцессоры, резисторы, конденсаторы и другие изделия микроэлектроники. Сам прибор относится к первому поколению секвенаторов, в которых применяется секвенирование по Сэнгеру.
В 2024 году должно начаться серийное производство новой высокопроизводительной модели «Нанофор 06». Главное преимущество отечественного решения перед импортными аналогами — открытая платформа, которая позволяет использовать реагенты от любых производителей.
У конкурентов техника обычно работает только с реактивами от самой компании и выключается, если на упаковке с химикатами нет RFID-метки производителя.
Если использовать российский прибор и российские реагенты, то стоимость анализа одного образца составляет около 200 рублей.
У консорциума есть прибор, относящийся ко второму поколению секвенаторов, для массового параллельного секвенирования «ДНК Нанофор СПС», который еще в 2020 году прошел государственные испытания. Однако его серийное производство пока не началось, так как интеллектуальные права на устройство, разрабатывавшееся на правительственный грант, принадлежат Минздраву РФ.
В 2022 году на российском рынке остались только две компании, которые производят оборудование и реактивы для секвенирования ДНК. Кроме отечественного консорциума в стране продолжили работу китайские MGI Tech и BGI. Тестовые запуски «ДНК Нанофор СПС» проводили на отечественных и китайских реактивах. Точность секвенирования составила 82% на российских против 97% на китайских, сообщил в середине 2022 года Яков Алексеев на конференции в Пушкине.
Консорциум работает над разработкой прибора для мономолекулярного секвенирования, который относится к третьему поколению устройств. Он будет работать не по принципу нанопор, а полагаться на оптический метод. На грант Минобрнауки специалисты из Физтеха, троицкого Института спектроскопии, биоинформатики из Новосибирска и инженеры из Бауманского университета разрабатывают технологию наноколодца. На дне его находится ДНК-полимераза, которая достраивает анализируемую последовательность нуклеотидов с помощью флуоресцентных гексафосфатов. Эти вещества определяются оптическим методом. В процессе молекула кольцуется и прочитывается несколько раз, что позволяет добиться высокой точности секвенирования. Опытный образец устройства планируют создать к концу 2023 года.
Важный компонент для успешного секвенирования — программное обеспечение. Оно используется для объединения отдельных прочитанных последовательностей в общую цепь. Сейчас на российском рынке используются, преимущественно, американское ПО от Illumina. Однако, ведутся работы по созданию отечественных программ для этих задач с применением технологий машинного обучения.
Появление и распространение дешевых методов секвенирования ДНК и проведения ПЦР-тестов открыло возможность персонализации медицины.
Мировой рынок персонализированных медицинских услуг оценивается в 2 трлн 770 млрд долл.
Согласно опросу, проведенному компанией Elsevier среди почти 3 тысяч докторов и младшего медицинского персонала из 100 стран мира, около половины клиницистов полагают, что через 10 лет геном каждого пациента будет прочитан. Это откроет новые возможности для диагностики и лечения.
В России действует федеральная научно-техническая программа развития генетических технологий, которая предусматривает гранты и другие меры поддержки для генетических способов лечения. В этом году стартоваларасширенная программа неонатального скрининга 36 редких генетических заболеваний. У всех новорожденных берут образец крови из пятки.
Анализируя его, можно еще до проявления симптомов выявить такие болезни как спинально-мышечная атрофия или сложные иммунодефицитные состояния и предупредить их тяжелое развитие.
В обязательное медицинское страхование и, следовательно, в каналы бюджетного финансирования включены методы генетической диагностики. Они позволяют определить конкретные мутировавшие гены при различных видах онкологии и лучше подбирать программы лечения.
Расширение правил проведения обязательной государственной геномной регистрации также будет способствовать развитию рынка секвенирования. 6 февраля Президент РФ подписал закон, который обязывает проводить
эту процедуру в отношении всех осужденных, отбывающих наказание в виде лишения свободы, для подозреваемых и обвиняемых в совершении уголовных преступлений, а также для подвергнутых административному аресту.
Федеральная база данных геномной информации действует с 2009 года, в ней на 1 января 2020 года находились результаты ДНК-анализов 965 тыс человек. По словам председателя Комитета Госдумы по безопасности и противодействию коррупции Михаила Старшинова, для того, чтобы база начала эффективно работать, в ней должна находится геномная информация, как минимум, 1% от общего числа граждан. То есть, количество записей в ней должно увеличиться. Приблизительно до 1,5 млн.
Указ Президента РФ от 11 марта 2019 предполагает «осуществление генетической паспортизации населения с учетом правовых основ защиты данных о персональном геноме человека и формирование генетического профиля населения». Программа генетической паспортизации потенциально может увеличить спрос на услуги секвенирования и оборудование для него. Однако пока не определены типы информации, которые будут собираться (полногеномное, полноэкзомное, анализ маркеров предрасположенности к заболеваниям), и не подготовлена правовая база.
Есть законопроект No 744029-7 об изменении закона «О персональных данных». Он должен прояснить особенности обработки биометрических персональных данных, включая генетическую информацию, но пока снят с обсуждения. Оно должно возобновиться во второй половине 2023 года.
Клеточная генная терапия онкологических заболеваний может стать еще одним драйвером рынка секвенирования. Но развитию CAR-T мешает неопределенный юридический статус такого вида лечения. Поправки к закону «Об обращении лекарственных средств», которые должны были закрепить термины «лекарственный препарат на основе соматических клеток» и «генотеравпевтический лекарственный препарат», пока не приняты.
Нормы, которые позволяют относить CAR-T к экспериментальному лечению, и изготавливать генотерапевтические препараты под нужды конкретного пациента с помощью оборудования академического медицинского учреждения, пока не приняты. Кроме того, не решена проблема с финансированием таких видов помощи. Стоимость коммерческих препаратов от западных компаний не укладывается в лимиты по программе высокотехнологичной медицинской помощи.
