Родился 27 мая 1953 года в Новосибирске. Закончил общеэкономический факультет Новосибирского института народного хозяйства и аспирантуру в Новосибирском государственном университете.
В 1981 - 1991 гг. работал на руководящих должностях в Новосибирском облисполкоме.
1991 - 1993 гг. - заместитель председателя Новосибирского горисполкома. 1993 - 1999 гг. - мэр г. Новосибирска.
Январь 2000 г. - сентябрь 2010 г. - глава администрации, Губернатор Новосибирской области.
С 9 сентября 2010 г. - полномочный представитель Президента Российской Федерации в Сибирском федеральном округе.
12 мая 2014 года в соответствии с Указом Президента Российской Федерации назначен временно исполняющим обязанности Губернатора Красноярского края. На выборах Губернатора Красноярского края за Виктора Толоконского отдали свои голоса 425 017 избирателей (63,3 % от числа всех проголосовавших).
С 26 сентября 2014 г. - Губернатор Красноярского края. Награжден орденом Почета, орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, орденом Дружбы, медалью «За заслуги в проведении Всероссийской переписи населения», а также орденами русской православной церкви и золотым почетным знаком «Общественное признание». Лауреат национальной премии «Лучшие губернаторы России». Женат, имеет двоих детей.
