Основные направления научной и практической деятельности Куклева В. Е. — лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней, разработка новых диагностических препаратов, биологическая безопасность, подготовка и проведение противоэпидемических мероприятий, ликвидация ЧС в сфере общественного здравоохранения. Результаты работы отражены в 97 публикациях.
В качестве специалиста СПЭБ участвовал в ликвидации вспышек инфекционных болезней (в том числе эпидемии лихорадки Эбола в Гвинейской Республике в 2014-2016 гг.), оказывал консультативно-методическую и практическую помощь при обеспечении санитарно-эпидемиологического благополучия в период проведения ряда массовых мероприятий. Участвует в совместных проектах со странами Восточной Европы и Центральной Азии, Социалистической Республики Вьетнам.
Является экспертом ВОЗ в области Международных медико-санитарных правил, экспертом ООН по расследованию подозрений в применении химического, биологического и токсинного оружия.
Имеет награды Правительства Российской Федерации и Министерства обороны.
