Евгения Котова родилась в 1971 г. В 1994 г. окончила с отличием Читинский государственный медицинский институт. В 1994-2006 гг. работала врачом, заведующим отделением в учреждениях здравоохранения Республики Коми. В 2006 г. назначена заместителем Министра здравоохранения Республики Коми, в 2016 г. – первым заместителем Министра здравоохранения Республики Коми.
В 2020 году перешла на работу в Минздрав России на должность директора Департамента мониторинга, анализа и стратегического развития здравоохранения Минздрава.
В июле 2023 года назначена заместителем Министра здравоохранения Российской Федерации, курирует организацию медицинской помощи детям, службу родовспоможения, вопросы психического и общественного здоровья.
Имеет ученую степень кандидата медицинских наук по специальностям «общественное здоровье и здравоохранение» и «акушерство и гинекология».
