Родился в 1962 году в Краснотурьинске (Свердловская область). В 1984 году окончил Московский горный институт, в 1998 году – Академию народного хозяйства при Правительстве РФ, а в 2008 – Российскую академию государственной службы при Президенте РФ. Имеет учёную степень кандидата экономических наук.
Кавалер знака "Шахтерская слава" I, II, III степени, почетный работник угольной промышленности РФ.
Карьеру начинал на разрезе «Нерюнгринский» на горном и взрывном участках, затем в 1993-2003 годах занимал руководящие должности в ГУП «Якутуголь».
В 2003 году Алексей Голубенко перешёл на госслужбу, став заместителем, а в 2007 году министром промышленности Республики Саха (Якутия). С 2011 года возглавлял крупные активы «Полюс Золото» - ОАО «Алданзолото ГРК» и ОАО «Рудник им. Матросова».
В марте 2017 года назначен генеральным директором Группы компаний «Золото Камчатки».
